六羟甲基三聚氰胺废水处理方法及其处理系统，工艺流程包括：将六羟甲基三聚氰胺废水送入废水处理釜，向废水处理釜中加入三聚氰胺和催化剂；将废水处理釜中的初步处理后废水送入多级沉淀池依次进行沉淀处理；将最后一级沉淀池中的上清液送入甲醛回收装置进行甲醛的回收利用；将每级沉淀池中的沉淀物作为原料返回到废水处理釜中进行反应；或者将每级沉淀池中的沉淀物经抽滤机抽滤后得到固态物产品，抽滤后的液体返回到最后一级沉淀池。根据本发明的处理方法和处理系统对六羟甲基三聚氰胺废水进行反应和沉淀、沉淀物循环利用、甲醛回收等操作，达到六羟甲基三聚氰胺废水零排放的目的，整个处理过程简单，无污染，能耗低。