本发明公开了一种凝花菜无菌外植体的制备方法，包括以下步骤：以凝花菜的叶状体作为外植体，用无菌过滤海水冲洗干净后置于3%的广谱抗生素和抗真菌素的混合制剂中浸泡15-18h；取出凝花菜外植体将其置于1%-3%的碘化钾溶液中2-5min；取出凝花菜置于3%-10%的次氯酸钠溶液中浸泡3-10min，无菌过滤海水清洗干净后即可获得无菌的红藻外植体。本发明以广谱抗生素、抗真菌剂、碘化钾和次氯酸钠酸钠为消毒剂，配合使用，可以有效的杀死凝花菜外植体表面的细菌、真菌和病毒且不损害植株的生长，可以获得90%无菌可行的外植体。