本发明公开一种大气压等离子体射流液相灭藻的方法。该方法包括如下步骤：含氧气体以2～8升/分钟的流速通过微孔放电装置后进入待处理的液相；和在微孔放电装置上施加4～9千伏特的交流电压。实现该方法的装置包括交流电源、微孔放电装置和灭藻反应室；所述微孔放电装置由金属管和金属棒构成，金属棒与金属管的轴心同轴，金属棒与金属管内壁的间距为0.1～2mm；所述金属管和金属棒作为电极分别电连接到交流电源上；所述金属管的一端与含氧气体源通过导气管连接，所述金属管的另一端与灭藻反应室的底部连接，含氧气体经由金属管进入灭藻反应室。本发明无需化学试剂，不会造成二次污染，且灭藻的效率高，是一种快速、有效的灭藻方法。