本发明属于废水处理领域，提供一种禽粪发酵液生产水溶肥废水的综合处理方法，包括步骤：1)向禽粪发酵液制作水溶肥过程中产生的废水中吹入空气，用吹脱的方式进行氨氮气体的脱除，2)将脱除的氨氮气体用硫酸溶液吸收；3)吹脱后的废水调节pH值；4)向调节pH值后的废水中接种处于对数生长期的小球藻，通入CO₂与空气混合气体，培养微藻。本发明提出的综合处理方法，既可以实现废水达标排放，又可以做到氨氮的回收以及生物质原料的生产，起到环境保护与资源生产的双重功效。本发明提出的吹脱微藻养殖系统可以同时实现氨氮的吹脱与微藻废水养殖，将可以单独分离的四个反应器分别合并为两个反应器，减少了占地面积，节约了经济成本。