本发明公开了一种应用于医药化工污水处理厌氧塔的发电系统及其工作方法，该发电系统具有节约投资成本、占地面积小、循环利用可再生资源等优点。厌氧塔设有从其顶端延伸至底端的出水管，出水管的顶端与厌氧塔连通，底端通过弯折与出口管连通，且弯折的内部设有水力发电机组，水力发电机组包括发电机以及带动其发电的水轮机。