本发明公开了一种利用速生树处理蓝藻的方法，将水域边富含蓝藻的水用水泵输送到灌溉池，将灌溉池中的富含蓝藻的水输送到具有一定坡度的速生树种植区，利用速生树根系对蓝藻的固定作用和土壤的过滤作用将蓝藻固定在土壤表层，将经过处理的水返回速生树种植区坡道边缘的排水沟。排水沟的水经自沉淀除去泥沙后，流入蓄水池。蓄水池中的清水定期开闸放水，返还至水域。本发明既可以除去水体中的蓝藻，又可以利用速生树吸收水体中氮、磷、钾等营养元素，彻底改变蓝藻赖以生存的水体的组成结构，从根本上治理蓝藻。