本发明公开了一种冬虫夏草发酵菌丝体在重金属废水处理中的应用及处理方法，属于环境保护领域。将冬虫夏草发酵菌丝体直接投入到重金属废水中，混匀，震荡吸附，即可清除废水中的重金属。所述的冬虫夏草发酵菌丝体通过将冬虫夏草在发酵培养基（以发酵液的总体积计，发酵培养基含有以下质量体积比组分：大豆粉1～4%，玉米粉2～6%，蔗糖2～6%，酵母粉0～0.5%，KH₂PO₄？0.1～0.5%，MgSO₄？0.01～0.1%）中培养，得到发酵液，再离心得到。本发明将冬虫夏草发酵菌丝体用于含重金属废水的处理，其生产成本低，环境友好，制备工艺简单，重金属去除率高，尤其适合处理含低浓度重金属的废水，应用前景广阔。