本发明公开了一种拟小叶喇叭藻假根外植体的消毒方法，拟小叶喇叭藻留取假根作为组织培养用的外植体，用毛刷将外植体上附着的杂藻等附着物清除干净后，将外植体置于浓度为1～5%的抗生素中浸泡5～8h，然后再将外植体取出，于碘化钾溶液中浸泡2～5min，再将外植体取出，于聚维酮碘中消毒1～3min，最后用冷却的过滤高压灭菌海水冲洗干净。本发明减少抗生素的使用浓度和使用时间，避免外植体形成抗药性；同时结合碘化钾和聚维酮碘的消毒效果，既可以杀死外植体表面和内部的细菌或真菌，又可以避免消毒剂对外植体造成不可恢复的伤害，经本发明方法，可以获得85%无菌、可行的假根外植体。