本发明公开了一种原位调控水产养殖池塘的藻相和水质的方法，包括以下步骤：步骤a：选取粒径大小在200-1000目之间的粉末状硅藻土；选取每毫升细菌数大于或等于1亿的复合微生物制剂；步骤b：在池塘开始施基肥肥水时，向池塘内均匀泼洒步骤a中的粉末状硅藻土及复合微生物制剂；步骤c：步骤b操作15天-20天后，池塘水体溶氧维持在5-9毫克/升之间，氨氮浓度在0.1-0.4毫克/升之间；池塘水体呈浅褐色，显微镜下观察到池塘藻相是以硅藻门的藻类为主；步骤d：向池塘内放养所养殖对象的苗种。通过上述方式，本发明方法能够提高水产养殖中普遍使用的微生物制剂的使用效果，有效调控藻相及水质，减少病害发生，提高养殖产量和养殖产品质量。