本发明公开了一种河道生态过滤系统，包括砾石过滤区、植物恢复区和生态袋恢复区，所述生态袋恢复区包括至少2个淤泥生态块，所述淤泥生态块沿河道两岸交错设置，包括基底和设置于所述基底上方的防护部，所述防护部包括至少2层沿平行于坡面方向设置的淤泥生态袋，相邻两个淤泥生态袋之间横跨设置一个连接扣。本发明还公开了一种河道生态过滤系统的施工方法，包括砾石过滤区的施工步骤和植物恢复区的施工步骤，还包括生态袋恢复区的施工步骤，本发明在清淤的同时，就地变废为宝，将难处理，难堆积的淤泥加以利用，采用生态恢复技术，使本地优势水生植物可以在淤泥生态上生长，在护坡的同时加强了水生态恢复的功能，一举两得。