一种利用氨氧化细菌(AOB)和厌氧氨氧化(ANAMMOX)细菌去除来自废水流的氨的方法。在包括厌氧消化器、脱水系统和生物膜反应器的侧流中，对从主流中的废水分离的污泥进行处理。厌氧消化器产生消化污泥，对其进行脱水，产生包含较高的氨浓度和较低的有机碳浓度以及较高的温度的污水。在包括生物膜载体的侧流反氨化生物膜反应器中处理所述污水，其中所述生物膜载体接种有效去除来自污水的氨的AOX和厌氧氨氧化细菌。为了去除来自主流中的废水的氨，介质载体上的AOB和厌氧氨氧化细菌用于接触主流中的废水并去除其中的氨。主流中的条件导致AOB和厌氧氨氧化细菌在一定时间段之后不能有效去除氨。为了复原生物膜载体上的AOB和厌氧氨氧化细菌，再次使AOB和厌氧氨氧化细菌接触侧流生物膜反应器中的污水，其中的条件有利于AOB和厌氧氨氧化细菌的生长和繁殖。