本发明涉及应用微生物填料的净化富营养化水方法及流化床。微生物填料的净化富营养化水方法，包括如下步骤：（a）利用一种包埋方法将厌氧菌固定在材料中，形成粒径为5-10mm的填料颗粒；（b）利用壳聚糖将兼氧菌和好氧菌混合包裹在之前的颗粒外层，制成分层固定化净水的微生物填料，粒径15-20mm；（c）将该微生物填料置于微生物流化床中，将流化床固定于游船尾部或置于流水附近，使流水穿过流化床的微生物填料，通过微生物填料除去富营养化水体有机质和氮磷。使氧的利用率、水中有机污染物的传质效率等大为提高,另一方面使老化的生物膜易于从填料表面脱落,便于膜的更新,使膜保持活性。