本发明公开了一种污染水体原位修复装置及其方法。本发明的技术方案要点为：一种污染水体原位修复装置，包括微生物处理系统和设置于微生物处理系统上方的植物修复系统，其中微生物处理系统主要由微生物反应箱、漂浮箱、排水泵、悬浮填料、风管、风机、曝气头和自动进水阀组成，所述的植物修复系统包括植物固定层和固定于植物固定层上的功能植物。本发明还公开了使用该污染水体原位修复装置净化水体的方法。本发明利用微生物自身降解水中的污染物以及植物吸收水中的氮磷等元素进而实现原位修复污染水体的目的。