本发明涉及一种防止微生物污堵反渗透膜的杀菌方法，主要是连续加入氧化性杀菌剂NaClO5%溶液至原水箱，通过在超滤后连续投加还原剂NaHSO₃5%W/V溶液，彻底去除残留余氯，控制反渗透入口进水PH值在7.1-7.4之间，监测控制保安过滤器前ORP在200mv-300mv。根据非氧化杀菌剂DBNPA速杀特性，每周以上述原有流程进行一次一小时的根据非氧化杀菌剂DBNPA（浓度50ppm溶液）预防性连续投加杀菌。此时，要求停加原水箱NaClO。本发明采用以氧化性杀菌剂为主、两种非氧化性杀菌剂交替进行预防性杀菌，控制微生物抗药性、耐药性，可以有效的控止反渗透膜表面微生物的滋生和过度繁殖，污堵反渗透膜。