本发明公开了一种适用于农田排水沟渠的间歇式生态净化池，其特征包括外池、内池、生态净化箱、排涝闸门、排水闸门。隔水墙将净化池分隔成为外池和内池，外池与排水沟渠连通，内池中布设有大量的生态净化箱，外池与内池之间形成了排涝通道。在内池进水端两侧安装有排涝闸门，排涝闸门可控制水流进入内池或是通过排涝通道。排水闸门安装于内池的出水端中部，排水闸门可按预设的开启和关闭时长做间歇式开闭运动，使得内池中的污水在净化池中得到充分的净化后排出。本发明可有效地降低农田排水中富营养物质的含量，阻止农田面源污染向外界的扩散，且具有占地面积小、净化效率高、不阻碍农田排涝、制造简单、维护方便的优点，适合大面积实施。