本发明公开了一种双脱盐层复合反渗透膜及其制备方法，所述双脱盐层复合反渗透膜包括：无纺布支撑层；多孔支撑层，所述多孔支撑层与所述无纺布支撑层相连；和聚酰胺脱盐层，所述聚酰胺脱盐层包括第一和第二脱盐层，其中所述第一脱盐层为疏松脱盐层，所述第二脱盐层为致密脱盐层，所述疏松脱盐层与所述多孔支撑层相连，所述致密脱盐层覆盖所述疏松脱盐层。根据本发明实施例的双脱盐层复合反渗透膜，将聚酰胺脱盐层由传统的一层变为两层，聚酰胺脱盐层的总厚度保持不变，两层聚酰胺脱盐层由疏松脱盐层和致密脱盐层构成，由于降低了致密脱盐层的厚度，可大幅度提高水通量，而脱盐率基本保持不变。