本发明公开了一种赤红球菌菌株及其在含有机污染物的废水处理中的应用，命名为赤红球菌（Rhodococcus？ruber）ZHY1-6，保藏号为CGMCC？No.8173。由赤红球菌菌株制成微生物菌剂；本发明的赤红球菌ZHY1-6和微生物菌剂用于处理含有机污染物的废水处理工艺中，用于降解废水中的有机污染物，本发明的菌株及菌剂应用于高盐苯酚废水、含烃类废水和香料废水的处理中时，不仅降低了污水处理的成本，而且对于保护生态环境，保护人民的身体健康具有重要的意义。