本发明公开了一种用于清除工业废水汞污染的重组质粒、构建方法、重组工程菌及应用，所述重组质粒是在质粒pET28a的基础上插入烟草叶绿体rrn16基因强启动子、大肠杆菌T7噬菌体基因10的5’UTR序列中的核糖体结合位点保守序列、烟草叶绿体rps16基因的3’端非编码区、产气肠杆菌聚磷激酶基因ppk和假单胞菌K-62菌株去掉merA、merG后的mer操纵子构建而成。本发明通过merT-merP将废水中的有机汞和无机汞转运到细菌细胞内，通过merB1和merB2将有机汞降解为二价汞，通过ppk将二价汞螯合在细胞内，降低汞对细菌细胞的毒性，将废水中的汞积累在细菌细胞内，通过收集重组工程菌菌体清除废水中的汞污染。