本发明提供一种制备草甘膦母液中含甲醛废水的处理方法，属于工业废水处理技术领域。该方法首先将制备草甘膦母液中含甲醛废水直接通入废水收集池，废水收集池中嵌入隔栅，隔栅通过连接管外接氮气，隔栅之间设有机械搅拌器的转子；喷雾器通过管道连接废水收集池的顶部，废水收集池的顶部通过管道与甲醛回收池连接，然后开启所述喷雾器，向收集池里喷入水雾，开启机械搅拌器，同时打开氮气阀门，向收集池里鼓气泡，搅拌速度、鼓泡速度依据含甲醛废水的浓度合理调整，在剧烈的搅拌和鼓泡下，含甲醛废水中的甲醛会自发向上面的水雾扩散，通过管道进入所述甲醛回收池。本发明具有设备投入简单、运行成本低廉以及安全、环保等特点。