本发明专利涉及一种规模化利用微藻来净化处理畜禽养殖废水的装置及其运用方法，该系统包括畜禽养殖的前处理系统、温室系统、光生物反应器系统、藻液浓度在线检测系统、收集系统、水循环系统、温控系统、采光系统。本专利利用规模化畜禽养殖中产生的废水经调制后来养殖微藻，大大降低了培养微藻的生产成本，废液中的氮磷作为微藻培养的营养物质，降低废水中的各项指标，净化污水提高水质。