一种河流岛屿净化生态系统，包括河道和位于河道内的岛屿，所述岛屿包括位于岛屿水面以上表面，由水生植物构成的第一水生植物层。具体的，所述岛屿从下至上依次为大颗粒石层、砾石层、石沙层、泥沙层、第一水生植物层；所述大颗粒石层、砾石层、石沙层、泥沙层的粒径依次递减。当所述河道呈S形时，所述岛屿包括一面是凹形的凹形岛和一面是凸形的凸形岛。优选的，所述岛屿水面以下部分外表面上还有由水生植物构成的第二水生植物层。采用本发明所述的河流岛屿净化生态系统，集河道污水处理、河道观赏性、防洪性、河道生态效益性为一体，提供了一种具有环保、生态和经济效益的一种生态处理模式。