本发明公开一种强化除磷脱氮的生态型微生物燃料电池耦合电极生物膜系统，该系统由E-MFC子系统和BER子系统组成，E-MFC子系统包括E-MFC反应池、E-MFC进水口、E-MFC出水口、不导电的基质、E-MFC阳极电极、E-MFC阴极电极、植物，BER子系统包括BER反应池、BER进水口、E-MFC出水口、BER阳极电极和BER阴极电极。本发明还公开生态型MFC耦合BER强化污水除磷脱氮的方法。本发明还公开上述系统在强化污水处理方面的应用。生态型MFC耦合BER充分利用MFC产生的电能来加强BER除磷脱氮的效果，既不使用化学药剂，又节省了能源，是一种低碳化的水污染控制技术。