一种微生物燃料电池电能原位利用的硫酸盐处理系统及其使用方法，它涉及一种微生物燃料电池处理系统。本发明要解决现有的含硫废水微生物燃料电池系统中生成的单质硫附着在微生物燃料电池阳极极板上，影响阳极的生物电化学性能、且单质硫难于回收的问题。本发明系统由硫酸盐还原微生物燃料电池系统、电池升压模块系统和电化学硫氧化系统构成，通过微生物燃料电池系统产生电能，输送至电池升压模块系统进行贮存和转化，利用来自升压模块储存的电能驱动电化学硫氧化系统，将S^2-转化为单质硫。本发明具有运行成本低、操作条件方便等优势，并可有效的回收单质硫资源，是集污水处理、能量、资源回收利用于一体的处理工艺，具有广阔的应用前景。