本发明公开一种碳系载体生物滤池系统，其包括反应处理槽、至少一个厌氧池、至少一个缺氧池、至少一个好氧池、污泥池、斜管沉淀池、至少一个脱氮池、不饱和炭池及接触过滤池；每一厌氧池、每一缺氧池、每一好氧池、每一脱氮池及不饱和炭池均包括一隔水墙及一过水墙，每一隔水墙的底端设有进污水的进水间隙，每一过水墙的顶端设有排出污水的过水间隙，且过水墙的高度沿着从厌氧池向接触过滤池的方向依次降低；斜管沉淀池面设有过水侧壁，过水侧壁的高度小于相邻的好氧池的过水墙的高度，大于相邻的脱氮池的过水墙的高度；污水从高处流向低处的自然流动式在反应处理槽内折向迂回流动，无需使用多级提升设备和回流设备，节约成本，降低设备占地面积。