本发明属于环境监测方法领域，具体涉及一种水污染源优控污染物综合指标筛选方法。水污染源优控污染物综合指标筛选方法，包括下述的步骤：粗选、精选和复审；粗选包括污染源污水处理设施进水水污染物清单；污染源污水处理设施出水水污染物清单；精选是粗选阶段建立的优先控制污染物目录库，建立评分系统，采用综合评分法进行优先控制污染物的筛选，对粗选名单进行再筛选和排序，得到各污染源的优先控制污染物；复审是对之前样品的审查以及评分过程的审查，建立应急优先控制污染物名单。