本发明公开了一种酸性矿井废水处理系统及其使用方法，涉及酸性矿井废水治理领域，该系统设有可渗透反应墙，分为物理化学反应和生物反应两个区，物理化学反应区利用细铁屑、粉煤灰和磷灰石调节AMD的PH值，并预处理硫酸根和部分重金属离子；生物反应区后者利用附着在陶粒与玉米芯上以剩余污泥为碳源的硫酸盐还原菌进一步处理AMD中有害成分，处理后AMD的PH明显升高，酸度、硫酸根离子和重金属离子均达到正常污水排放标准。