本发明属于环境微生物领域，具体涉及一种氨氧化微生物的分离筛选方法。将分离源在以氨氮为单一氮源的液体变色培养基中富集培养；而后再经过显色平板和液体培养筛选得到具有氨氧化能力的菌株，收集的目标菌株用于污水处理，使其在有氧条件下氧化污水中的氨进行氨氧化反应；本发明选择具有代表性的曝气池活性污泥样品为分离源，采用创新的变色培养基，过程直观，方法简便。