本发明涉及一种浅流再生水河道原位治理方法。通过本发明，构建砾石床浅流河道，并在砾石床内布置人工生物填料和复合纳米纤维填料，对以再生水为补水水源的河流水体进行原位深度处理。本发明采用原位治理技术，无需将河水引出河道水系，可在河道上直接对水体进行处理，缩减了污水转运环节，并能避免造成二次污染。