本发明属于环境微生物领域，具体涉及一株约翰逊不动杆菌（Acinetobacter？johnsonii）AJ-3菌株的分离、培养及其在污水除磷中的应用，应用于城市污水处理厂的生物除磷。本发明所述约翰逊不动杆菌（Acinetobacter？johnsonii）AJ-3菌株，保藏编号为；CCTCC？M2014023，保藏地为：中国典型培养物保藏中心，保藏日为：2014年01月16日。本发明为一株约翰逊不动杆菌（Acinetobacter？johnsonii）AJ-3菌株，该菌株生长快速，环境适应能力强，对溶氧要求低，可以在含磷的合成污水液体培养基中快速生长，并将磷去除，除磷效率高而稳定，达55%~60.1%，无二次污染。因此，AJ-3菌株可应用于含磷的污水处理，是水体生物除磷工艺上重要的微生物资源，具有良好的应用前景。