本发明公开了一种神经多肽制品生产废水的处理工艺，采用隔油池隔除浮油，调节水解酸化池使污水发生水解酸化反应，再在气浮沉淀机中经复配絮凝剂和助凝剂作用使废水中的污染悬浮物质发生混絮凝反应，去除絮体和沉淀物后的污水流入上流式厌氧污泥床反应器内通过高效厌氧菌进行厌氧反应去除污水中的大部分CODcr，然后预曝气池吹脱上流式厌氧污泥床反应器出水中的有害气体，污水再流入接触氧化池通过曝气进行生化反应以去除有机物，降低BOD5，最后污水流入二沉池进行固液分离，经沉淀池沉淀后的上清液达到三级标准后，外排即可。本发明结构简单、处理工艺简单，且处理后水质后，符合外排要求，保护了环境。