本发明公开了一种水体生态净化系统，包括有待处理水域，所述待处理水域分隔为微生物培养区和污水净化区，其中，微生物培养区和污水净化区之间设置有水体通道，且微生物培养区分割为相通的第一培养区和第二培养区，每一培养区均设置有生物填料反应装置。本发明的有益效果为：1、无二次污染，整个过程无任何化学添加物，无污泥废物臭气等产生；2、操作管理简便，能耗低；3、投入低，效益好，每台设备每天处理100～200吨生活污水，仅需少量资金投入；4、出水水质标准，时间短，见效快，适用范围广，可利用现有的鱼塘、湖泊等进行集污，不需要专门的污水基建工程，处理设备的安装时间只需半天，7～20天污水即可达标；5、经久耐用，设备寿命长，主要填料设备50年以上。