本发明公开了一种利用煅烧黄铁矿作为滤料深度处理污水的方法，其特征是：以煅烧黄铁矿作为滤料，在滤料表面负载反硝化菌、脱氮硫杆菌、依赖硝酸盐铁氧化菌和氨氧化菌等厌氧微生物，将生活污水处理厂二级处理的出水、或富营养化地表水、或水产养殖水连续输送到装填煅烧黄铁矿的滤池中进行处理，直至出水中磷浓度超过0.1mg/L时停止。本发明的方法具有同步脱氮除磷降低有机污染物浓度的综合效果，处理效率高。