一种色谱指纹图谱相似度评价方法，包括以下步骤：采用标准样品建立对照指纹图谱；采用与建立对照指纹图谱相同的色谱条件建立待评价样品的样品指纹图谱；将样品指纹图谱的每一个峰值与对照指纹图谱中对应峰值相比，得到样品的比值指纹图谱向量和对照比值指纹图谱向量；计算这两个比值向量的相似度S。本发明既能反映待评价样品指纹图谱与标准指纹图谱之间共有峰的相似性，也考虑了非共有峰数目及其大小对产品质量的影响，能整体反应各样品指纹图谱之间相似程度，该相似度的大小能够灵敏地定量表达样品指纹图谱与标准指纹图谱定性和定量差异，可靠地鉴别药品、食品的真伪，更好地从质量稳定性和安全性上控制药品、食品的质量。