本发明公开了一种低耗高效分体湿式脱硫系统，设有吸收塔、碱液再生系统和补碱液系统；碱液再生系统设有依序连通的反应池、氧化池、气浮池和碱液池；吸收塔的底部与反应池连通；反应塔上部设有沼气排出口，底部设有沼气进口与污水处理厂厌氧消化池排气管道连通，补碱液系统设有融药罐和储药罐；设有控制器和在线控制系统；该脱硫系统的控制方法，包括：1)设定控制器的各项控制数值；2)制药液；3)启动整个脱硫系统；4)控制器对补药泵进行控制；5)对加药泵进行控制；6)每天定时检测气浮池中的固体回收率SRR；7)每天定时检测碱液池中的硫代硫酸钠浓度SSO；8)重复步骤4)、5)、6)、7)。本发明适用于污水处理中沼气的脱硫，结构完善，控制灵活精确，脱硫效率高，环保效果好。