本发明公开了小型机载自动摇动双喷式弥雾施药系统及控制方法。小型机载自动摇动双喷式弥雾施药系统包括对称摆动弥雾装置和自动喷施系统。药箱水平横置于底盘上，支架将药箱固定于底盘上，同时作为弥雾机及其摆动机构的基座。两弥雾机沿底盘纵向对称布置于药箱上方，两弥雾机喷管出口指向底盘外侧和行进方向的斜后上方。由微型隔膜泵压力供油，由油箱电磁控制阀控制燃油进入化油器和发动机，由继电器控制打火，由药箱电磁控制阀控制药进入爆发管，使药液雾化喷出。电机驱动摆动机构带动两弥雾机摆动，扩大弥雾喷幅，使药液有效扩散弥漫于树冠间，实现对两侧树冠的大范围喷雾。本发明设备小型化，降低药液消耗和整机成本，且有效降低了操纵难度，可应用于对果树的病虫害防治。