本发明公开了一种含锰废水资源回收及零排放膜系统及其处理方法与应用。含锰废水资源回收及零排放膜系统包括微滤膜装置、纳滤膜装置A、海水淡化膜装置和纳滤膜装置B；微滤膜装置、纳滤膜装置A和海水淡化膜装置依次连接构成一个循环回路，微滤膜装置、纳滤膜装置A与纳滤膜装置B依次连接构成另一个循环回路。该系统为全流程过滤分离系统，以微滤膜过滤装置代替传统的板框压滤机，较好的改善了过滤效果；整个系统通过串联、并联方式将4个膜装置连接起来形成循环回路，可以连续运行，也使得膜使用寿命较长，长时间使用也不会出现膜污染、膜孔堵塞的现象，运行成本低，有利于企业的持续发展；其处理方法简单易行，可以实现资源回收及零排放。