本发明提供一种微电网分布式电源分层协调控制系统和方法，系统包括分散控制层、就地协调层和远程管理层；分散控制层的控制器采集信息并将控制器信息上传给就地协调层的就地协调控制器，再通过所述就地协调控制器上传给远程管理层的采集服务器；所述远程管理层的工作站下达计划运行指令给就所述就地控制器，由所述就地控制器进行协调控制，下达计划运行指令给所述控制器。该系统对微电网内的分布式电源、储能和负荷进行科学管理，计划发电调度，实现合理供电，满足微电网负荷供电需求；能有效控制能解决配电网运行可靠性问题，并满足对特定用户的特质性用电要求，提高各类能源的综合利用效益，具有很大的社会经济效益。