本发明公开了一种燃料电池系统的控制方法和装置，其中，该方法包括：对燃料电池系统的电池堆的输出功率进行检测；通过电池堆输出功率的下降和节电池电压的骤降判断电池堆的局部水淹状态；在确定出现水淹的情况下通过燃料电池系统的储能单元提供部分外界需求功率以降低电池堆的功率输出，从而消除水淹现象，使得电池堆的性能可以快速恢复。本发明在不影响系统整体输出功率的情况下，解决了电池堆由于局部水淹造成的输出性能暂时性下降的技术问题，达到了保持系统稳定的功率输出并及时恢复电池堆性能，提高燃料电池堆的性能与耐久性的技术效果。