本发明公开了一种用于储存高水分油菜籽的机械通风系统及其通风方法，本发明通过在粮仓内部设置合适的U型通风网络，并在U型通风网络的支风道上设置竖向通风管，将两组U型通风网络组成一个存储单元，在存储单元之间布置空气除湿机，并限制每个存储单元的存储量及空气途径比，合理设置通风条件与粮堆内粮食水分与粮温之间的关系，达到高水分油菜籽降水、降温、调质的目的；利用本发明的机械通风系统及储存方法，可以在2-4个月内安全储存高水分油菜籽，并使企业储存油菜籽的储存成本降低至15元/吨以内，大大提高了企业的收储能力，避免了农民的损失，具有很好的经济效益和社会效益。