本发明公开了一种基于功率缺额预测及分配的微电网协同频率控制方法，包括步骤：10）当进行并离网模式切换或发生功率缺失故障时，集中控制器采集运行信息，测算频率变化率平均值；20）对总有功功率缺额进行预测算；30）在一次调频中，集中控制器分配增发指令到储能元件中，储能元件提供一次调频支撑；40）在二次调频中，集中控制器分配功率控制参考指令到本地控制器中；50）集中控制器分配功率控制参考指令到分布式电源的本地控制器，电源增发，实现多源协同增发；当微电网中可用功率无法弥补功率缺额时，微电网进行负荷减载，完成多级负荷优化减载。该控制方法实现微电网协同控制，有效提高频率控制能力，提高了微电网的频率稳定性。