一种超低压升压系统及其控制方法，包括开路电压采样保持器、极性检测与控制信号发生器、一级开关管、反激变压器、整流桥、储能元件和单片机，所述的开路电压采样保持器同微弱能量的输出源或换能器相连接，另外开路电压采样保持器还同单片机、极性检测与控制信号发生器以及反激变压器相连接，所述的一级开关管同极性检测与控制信号发生器以及反激变压器相连接，反激变压器同整流桥相连接，整流桥同储能元件相连接。并结合其控制方法有效地避免传统工艺的电路难以适应环境能量收集毫伏级电压下工作的缺陷，并能避免现有技术很难同时兼顾升压倍数与升压效率且尚未解决正负双极性输入源的问题的缺陷。