本发明公开了一种灵菌红素高产菌株及其生产方法。本发明所述灵菌红素高产菌株名称为Serratiamarcescenszl3，保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCCNO:M201209，保藏日期为2012年4月4日，保藏地点为中国.武汉.武汉大学。本发明灵菌红素高产菌株具有生长速度快、灵菌红素稳定合成且表达量高的优点，在50L发酵罐上以1%-5%花生粉培养基25-30℃培养30-40h，灵菌红素的产量达6-8g/L，纯度大于98%。本发明提供的分批发酵、流加发酵工艺参数、以及优化的搅拌浸提、层析精制纯化工艺可以指导工业规模灵菌红素的生产，可以用于生物制药以及医药化工领域。