本发明涉及一种含多子微网的混合微网系统及其控制方法，所述的混合微网系统包括光伏子系统、储能子系统、直流母线、DC/AC变流器和交流子系统，所述的控制方法包括根据电网指令控制光伏子系统和储能子系统的运行模式的步骤；采用基于扰动观察法的光伏发电最大功率跟踪方法控制光伏子系统运行模式的步骤；采用双闭环控制与移相控制相结合的方法控制储能子系统运行模式的步骤。与现有技术相比，本发明具有可实现电气隔离、安全性高、母线电压稳定等优点。