本发明提供了一种用于无菌生产的物料桶在线清洗灭菌的方法，其特征在于，步骤为：将使用后待清洗灭菌的物料桶特定位置，连接辅助装置，通过终端控制按预定的程序完成物料桶的在线清洗灭菌和干燥工艺，清洗灭菌及干燥后关闭进水进气口和排出口的阀门，拆除辅助装置，将清洗灭菌后的物料桶推到暂存区域存放，准备投入下一批次的生产。本发明的优点是解决了传统物料桶借助其他设备如清洗灭菌柜进行清洗灭菌时既提高了成本也无法保证无菌要求，保证清洗灭菌后的物料桶处于无菌保护状态，无菌性高，符合国际制药工业cGMP的要求。