本发明公开了橙皮油素在制备抑制肠道病毒71型感染药物中的应用，属于生物制药领域。本发明以带有GFP荧光蛋白报告基因的EV71病毒为筛选平台，选取可作为中草药的植物天然产物单分子作为分析对象，发现了一个可以明显抑制EV71感染的中草药成分—橙皮油素，其对EV71感染的抑制效果比已知的EV71病毒感染细胞抑制剂的效果更好，毒性更低，且对其他几种手足口病病原如柯萨奇病毒CA5、CA6、CA10、CA16等有明显的抑制作用，可以作为EV71病毒感染细胞的候选药物。