本发明公开了一种微电网能量管理方法及其系统，包括超级电容储能管理模块、并网储能管理模块、离网储能管理模块和离网发电与负荷管理模块。能量管理模块的依据是微电网内发电功率和负荷功率的差额。超级电容能量管理模块将微电网内功率差额值中的高频部分尽量包含在超级电容功率设定值中。并网储能管理模块按照储能剩余容量加权分配算法和储能充放电功率设定曲线对微电网内的各个储能进行功率设定。离网储能管理模块按照储能充放电功率曲线对微电网内除主储能外的其余储能进行功率设定。发电和负荷管理模块按照并网管理策略或离网管理策略对微电网内的电源和负荷进行控制。