本发明公开了一种二次电池与超级电容混合储能管理系统，包括电池管理子系统、超级电容管理子系统、集中管理子系统和上位机。所述的电池管理子系统由电池管理子单元组成，负责系统中单体电池的状态信号采集、SOC估算和均衡、数据处理和传输，监控电池组双向变换器的工作状态。所述的超级电容管理子系统由超级电容管理子单元组成，负责系统中超级电容器的状态信号采集、均衡、SOC估算、数据传输等，监控超级电容器组双向变换器的工作状态。所述的集中管理子系统，负责系统中电池和超级电容状态数据的汇总，随时调整接入总线的电池组和超级电容器组的数量。所述的上位机，显示系统中所有电池和超级电容的状态信息。本发明可有效延长电池和超级电容的循环寿命，为二次电池和超级电容器作为储能介质的新能源发电系统、智能电网、微网发电系统储能技术提供有力的支撑。