本发明公开了一种储能式氟泵热管系统与其控制方法，该储能式氟泵热管系统包括第一室内机组、第二室内机组、室外机组、储液罐、氟泵、电动二通阀、电动三通阀、液管支路、气管支路及控制器，该储能式氟泵热管系统的控制方法通过切换氟泵、电动二通阀、三通换向阀、电动三通阀、风机的启停来实现多种工况的切换，既能保证工业建筑的温湿度要求，又能保证商业建筑的热舒适性要求。该发明充分利用自然冷源和工业余热，有效提高能源利用效率和室内的舒适性，且利用夜间低谷电价，降低经济运行成本。