本发明属于智能电网技术领域，涉及一种接入直流微电网的飞轮储能系统的放电深度控制方法，包括以下步骤：（1）确定接入直流微电网的飞轮储能系统的动力学模型，建立飞轮储能系统平均化的状态方程组；（2）根据电网的本地量测量，结合飞轮储能系统的本地参数，形成飞轮储能系统临界稳定判别方程；（3）实时检测飞轮储能系统接入点端口电压电流，计算系统动态输入阻抗，形成系统等值参数；（4）在检测到系统电压跌落时，根据即时的系统等值参数形成确定的飞轮储能系统临界稳定判别方程，对飞轮储能系统放电深度进行控制。其优越性在于：（1）实现了飞轮储能系统的放电深度的稳定性控制，从根本上避免了接入系统的电压振荡。（2）一定程度上克服了飞轮储能系统放电深度无章可依的现状。