本发明公开了一种用于机械储能系统的控制方法，步骤如下：1)将一个飞轮储能单元与一台风力发电机并联，或与其他多个飞轮储能单元一起组成飞轮储能矩阵；2)转子位置传感器采集飞轮电机的转速；电流传感器采集直流母线电流信号；3)计算转速误差的采样值；4)应用神经元自适应PID控制器作为转速控制器，计算其输出控制量；5)计算直流母线电流误差信号；6)将电流误差信号输入电流控制器，用于控制PWM波的输出，PWM驱动双向变流器控制飞轮电机加速或减速运行。该控制方法从根本上不同于其它的针对三相永磁同步式飞轮驱动电机设计的控制方法，无需进行矢量控制，大大提高了飞轮储能系统的转速控制精度和系统的鲁棒性。